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Die Anatomie
1931, Öl/L, 133 x 156 cm
Historisches Museum der Stadt Wien/Wien

Für Boeckl war Anatomie das "grundlegende Ergebnis der von mir bis dahin geübten Naturmalereien" und gleichzeitig ein "Abschluss, ja vielleicht der Abschluss der Jugendarbeiten überhaupt". Das Bild befindet sich heute im Besitz des Historischen Museums der Stadt Wien und gilt als eines der Hauptwerke im malerischen Schaffen Herbert Boeckls vom Anfang der dreißiger Jahre.
Es zeigt den Leichnams eines jungen Mannes auf dem Seziertisch. Der Brustkorb wölbt sich, Gedärme und innere Organe quellen heraus. Nie zuvor - und selten später - hatte sich Boeckl in ein Motiv so verbissen. Er zeichnet sich an das Thema mit einer Reihe von Blättern aus dem Sezier-Saal heran. Die Zeichnungen befinden heute bis auf zwei Ausnahmen im Besitz der Graphischen Sammlung Albertina.

Anatomie ist keineswegs eine grausige Darstellung des Todes oder der Vergänglichkeit des Lebens, sondern
eine realistische Naturstudie, wie er es selbst betonte:
"Der Zeichner beachtet und beobachtet, ohne zu deuten. Nicht wofür etwas steht, sondern das, was es selber ist, liegt an. Er möchte in Bildern und Blättern herauslösen, worauf es ankommt."
Die Gruppe der Ärzte am Werk, die ganze unerbittliche Apparatur der anatomischen Werkstatt sind zu einer Einheit gefügt, die eine versöhnliche Leichtigkeit und etwas Beschwingtes haben fern von Brutalität oder Makabrität.In einem Radiovortrag berichtet er 1935:
"Ich bekam einen so tiefen Einblick in Tod und Leben
und lernte in den vielen Zeichnungen, die ich von Toten gemacht habe, das zufällige vom Wesentlichen unterscheiden. ... Nachdem ich die Anatomie gemalt hatte, überkam mich eine große Verlassenheit."